FÍSICA COMPUTACIONAL APLICADA A LA BIOLOGÍA

FÍSICA COMPUTACIONAL APLICADA A LA BIOLOGÍA

Category : Eventos

FISICA COMPUTACIONAL APLICADA A LA BIOLOGÍA
Adolfo Poma Bernaola(1),*
(1) Institute of Physics, Polish Academy of Sciences, Aleja Lotnikow 32/46, 02-668 Warsaw, Poland

*poma@ifpan.edu.pl, Tel: +48-730-117-090, Fax: +48-228-430-926

La aplicación de la física computacional a través de modelos clásicos efectivos denominados “coarse-grained” (CG) en la biología es esencial para el acceso de escalas de longitud y tiempo típicos de los procesos biológicos (ej. el auto ensamblaje de fibras amiloideas responsables de enfermedades neuro degenerativas como el Alzheimer, los cambios estructurales en las proteínas debido al estrés mecánico, entre otros). El modelo ELNEDIN [1] usado a la par con el popular campo de fuerza efectivo MARTINI logra describir el equilibrio termodinámico de las proteínas, pero debido a su implementación numérica, ella carece de la posibilidad de explorar otros estados no fundamentales de la proteína, de gran importancia en los procesos biológicos activos. Esto se debe a la imposición de potenciales cuadráticos o armónicos asociados a las interacciones fundamentales que mantienen la estructura secundaria en la proteína. En esta charla presentamos el nuevo modelo GoMARTINI [2] para proteínas, el cual permite la formación o disociación de las interacciones nativas. En esta charla discutiremos las ventajas y posibles usos prácticos del nuevo campo de fuerza MARTINI en la biología y en la ciencia de materiales.

[1] L. Monticelli, S. K. Kandasamy, X. Periole, R. G. Larson, D. P. Tieleman and S.-J. Marrink, The MARTINI Coarse-Grained Force Field: Extension to Proteins. J. Chem. Theory Comput. 4, 819–834, 2008.
[2] A. B. Poma, M. Cieplak, and P. Theodorakis, Combining the MARTINI and structure-based coarse-grained approaches for the molecular dynamics studies of conformational transitions in proteins, J. Chem. Theory Comput., 13, 1366-1374, 2017.